FN sier at alle stater bør ha en uavhengig institusjon som jobber for å sikre menneskerettighetene. I Norge fikk NIM denne oppgaven fra 2015.
I Norge ble det internasjonale begrepet «nasjonal institusjon for menneskerettigheter» introdusert da regjeringen i 1999 la frem den første, og hittil eneste, nasjonale handlingsplanen for menneskerettigheter. Handlingsplanen inneholdt mer enn 300 tiltak for hvordan Norge skulle styrke gjennomføringen av menneskerettighetene både nasjonalt og internasjonalt. Ett av de foreslåtte hovedtiltakene var å etablere en nasjonal institusjon for menneskerettigheter.
Det ble derfor etablert en slik institusjon, som organisatorisk ble lagt til Senter for menneskerettigheter (SMR) ved Universitetet i Oslo. Da denne institusjonen hadde eksistert i ti år, mente både Universitetet og en FN-tilknyttet evalueringskomité at institusjonen ikke hadde tilstrekkelige rammebetingelser for å innfri Paris-prinsippene. FN nedgraderte institusjonen fra såkalt A-status til B-status i 2012, på grunn av manglende oppfyllelse av Paris-prinsippene. Dette innebar at institusjonen mistet sin møte- og talerett i FN, i tillegg til at den ikke lenger hadde stemmerett i det internasjonale og europeiske nettverket for nasjonale institusjoner.
To år senere vedtok Stortinget enstemmig etter forslag fra Høyres Olemic Thommesen at det skulle etableres en ny nasjonal institusjon for menneskerettigheter som skulle være administrativt tilknyttet Stortinget. Det ble forutsatt at den nye institusjonen skulle være samlokalisert og ha noen administrative fellestjenester med Sivilombudet. På grunnlag av en rapport fra en arbeidsgruppe utnevnt av Stortinget (Dokument 16 2014-2015) ble lov og instruks om Norges nasjonale institusjon for menneskerettigheter enstemmig vedtatt.
NIM ble formelt opprettet 1. juli 2015, men startet sin virksomhet i nye lokaler i 2016. I januar 2017 ble Gáldu – Kompetansesenteret for urfolks rettigheter, innlemmet i NIM. Det innebar at NIM fikk økt kompetanse på urfolksrettigheter, og et eget regionkontor i Kautokeino. Vedtaket om å slå sammen Gáldu og NIM ble fattet av Stortinget i forbindelse med behandlingen av statsbudsjettet for 2017.
I juni 2017 nådde NIM en viktig milepæl, da institusjonen fikk innvilget såkalt A-status av styret i Det internasjonale nettverket for nasjonale institusjoner for menneskerettigheter (GANHRI). A-status gis til nasjonale menneskerettighetsinstitusjoner som fullt ut oppfyller FNs Paris-prinsipper. Vedtaket om å gi A-status til NIM oppfylte Stortingets formål da det vedtok å opprette en ny nasjonal institusjon i Norge. Det var samtidig en anerkjennelse av innsatsen fra mange aktører, og en viktig annerkjennelse av det arbeidet som gjøres med å fremme og beskytte menneskerettighetene i Norge.
I 2020 ble det igangsatt en evaluering av NIM, som hadde vært planlagt siden etableringen. Der ble det konkludert med at NIM oppfyller mandatet sitt på en faglig god og effektiv måte. Det ble også fremmet noen forslag til tiltak, blant annet ble det foreslått at direktøren hos NIM bør utnevnes av institusjonens styre. Parallelt med dette gjorde Harberg-utvalget sin gjennomgang av alle Stortingets kontrollfunksjoner. Anbefalinger fra den eksterne evalueringen og Harberg-utvalget medførte at Stortinget vedtok en ny NIM-lov i desember 2022. Der overføres blant annet ansvaret for å rekruttere NIMs direktør fra Stortingets presidentskap til styret, og NIM-forskriften ble opphevet slik at institusjonens mandat og oppgaver nå kun reguleres av NIM-loven.
I 2022 gjennomgikk NIM nok en akkrediteringsprosess, og fikk for andre gang innvilget A-status av styret i Det internasjonale nettverket for nasjonale institusjoner for menneskerettigheter (GANHRI).